Šinī pašā laikā sāka veidoties arī pirmie baznīcas iekārtas elementi. 1532. gadā veidojās konsistoriju sākumi. Rīgas pilsētas valde – atkal Rīgas pilsētas valde – uzticēja atsevišķām personām no sava vidus un arī kādiem garīdzniekiem baznīcas lietu pārzināšanu. Bija jau radušās draudzes, bija draudžu lietu darīšanas, kārtojumi, bija jābūt kaut kādai virsinstancei. Rāte šādu virsinstanci izveidoja no saviem locekļiem, tātad – laicīgajiem locekļiem, un pieaicinot arī kādus garīdzniekus. Tomēr galīgi konsistorija nodibinājās 1577.gadā - jau kā Baznīcas virsinstance, tā sauktā jauktā konsistorija, kas sastāvēja no laicīgajiem un garīgajiem locekļiem. Tā palika vienīgā Baznīcas pārvaldes iestāde visā zemē līdz pat zviedru laikiem, līdz pat kārtojumiem, kas sākās pusgadsimtu vēlāk. Tad notika arī ģenerālsuperintendenta vai superintendenta amata izveidošanās.
